У Храма святого апостола Иоанна Богослова под Вязом необычная судьба. С середины XV века на Новой площади, между улицами Никольская и Ильинка неизменно стоит храм, посвященный апостолу Иоанну Богослову – любимому ученику Христа. Его здание многократно горело — но всегда восстанавливалось, подвергалось разорениям от рук польских, а затем и французских захватчиков – но при этом никогда не было разрушено врагами. Храм устоял и в годы сокрушительного большевистского атеизма. Можно смело сказать, что храм апостола Иоанна Богослова относится к числу древнейших в нашей стране.

Храм под Вязом впервые упомянут в летописи в 1493 году. Появление первой деревянной церкви в конце XV века было связано с укреплением подступов к Москве. Видимо, уже тогда перед алтарем начал расти вяз, от которого храм и получил своё название. В черту города церковь вошла в первой половине XVI века после строительства Китайгородской стены, которая до 1934 года проходила прямо перед храмом. Нынешнее здание Иоанно-Богословского храма построено в 1825-1837 годах на месте кирпичного храма, сооруженного в 1658 году.

В 1925 году храм был закрыт, а с 1934 года в нем разместился Музей Москвы. Ранее музей находился в Сухаревой башне и был переведен оттуда после её сноса. Над храмом и колокольней были разобраны луковичные главки, в интерьере устроены межэтажные перекрытия. Но в 1992 году постановлением Правительства Москвы храм апостола Иоанна Богослова под Вязами был возвращен Русской Православной Церкви.

А 16 сентября 2010 года Святейший Патриарх Московский и Всея Руси Кирилл предоставил храм Российскому Православному Университету св. Иоанна Богослова, который таким образом обрел долгожданное духовное пристанище для своей многочисленной общины, студентов и преподавателей.

В 2011 году, после освобождения комплекса Музеем Москвы, были проведены работы по воссозданию купола с крестом на храме. 11 ноября 2011 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил освящение креста в присутствии мэра Москвы С.С.Собянина, настоятеля храма игумена Петра (Еремеева), преподавателей и студентов Российского православного университета.
В 2016-2017 году была проведена реставрация колокольни храма, завершившаяся освящением креста на шпиль здания, которое совершил настоятель храма.

В настоящее время при поддержке попечителей храма и в рамках городских программ ведётся реставрация фасадов зданий комплекса, а также благоустройство территории. Предполагается, что у алтарной стены храма, в рамках озеленения Новой площади, будут высажены Вязы. С такой просьбой к руководству города обратился игумен Петр (Еремеев).