У Храма святого апостола Иоанна Богослова под Вязом необычная судьба. С середины XV века на Новой площади в Китай-Городе столицы, между улицами Никольская и Ильинка неизменно стоит храм, посвященный апостолу Иоанну Богослову – любимому ученику Христа. Его здание многократно горело – но всегда восстанавливалось, подвергалось разорениям от рук польских, а затем французских захватчиков – но при этом никогда не было разрушено врагами. Храм устоял и в годы сокрушительного большевистского атеизма. Можно смело сказать, что храм апостола Иоанна Богослова относится к числу древнейших в нашей стране.
Храм под Вязом, впервые упомянут в летописи в 1493 году. Появление первой деревянной церкви в конце XV века было связано, вероятно, с укрепленным острожком, который находился за пределами посада и прикрывал ближайшие подступы к Москве с востока. В черту города церковь вошла в первой половине XVI века после строительства стены Китай-Города.
Название «под Вязом» произошло от огромного вяза, который рос перед алтарем до 1775 года. Рядом с храмом до 1934 года проходила стена Китай-Города.
Нынешнее здание Иоанно-Богословского храма у Китайгородской стены было построено в 1825-1837 годах на месте кирпичного храма, сооруженного в 1658 году.
В 1925 году храм был закрыт, с 1934 года в нем разместился Музей Москвы. Ранее музей находился в Сухаревой башне и был переведен оттуда после сноса башни. Над храмом и колокольней были разобраны луковичные главки, в интерьере устроены межэтажные перекрытия.
Постановлением Правительства Москвы №661 “О передаче Русской Православной Церкви (Московский Патриархат) храмов, расположенных на территории Китай-Города” от 25 августа 1992 года храм апостола Иоанна Богослова под Вязами, занимаемый Музеем Москвы, был передан Московскому Патриархату в безвозмездное пользование.
А 16 сентября 2010 года Святейший Патриарх Московский и Всея Руси Кирилл назначил настоятелем храма игумена Петра (Еремеева), с поручением скорейшего возобновления здесь богослужебной жизни.
В 2011 году, после освобождения комплекса Музеем Москвы, были проведены работы по воссозданию купола с крестом на храме. 11 ноября 2011 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил освящение креста в присутствии мэра Москвы С.С.Собянина, настоятеля храма игумена Петра (Еремеева), преподавателей и студентов московских вузов.
В 2016-2017 году была проведена реставрация колокольни храма, завершившаяся освящением креста на шпиль здания, которое совершил настоятель храма.
30 декабря 2021 года указом патриарха Московского и всея Руси Кирилла настоятелем храма назначен ректор Российского православного университета, патриарший наместник Московской митрополии, митрополит Крутицкий и Коломенский Павел.
2022 г. – указом Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси штатным священником храма апостола и евангелиста Иоанна Богослова под Вязом в Китай городе г. Москвы, назначен священник Павел Ефремов (Указ № У-02/183 от 02 ноября 2022 года).
